广州出入境边防检查总站于1998年6月29日正式成立。职改后，广州总站从边防武警现役制改为人民警察职业制。总站为正厅级建制，隶属公安部直接领导。总站机关设办公室、政治处、督察处、后勤处、业务处、技术处。机关直属单位设培训中心、服务中心、遣返审查所和门诊部。
广州出入境边防检查总站下辖天河、白云、黄埔、洲头嘴、番禺、新塘、南沙7个正处级出入境边防检查站及广州经济技术开发区、新港、新沙、莲花山等4个副处级分站，担负着广州行政区域内天河铁路客运口岸、新白云国际机场、广州港、南沙港、广州经济开发区、莲花山港、新塘客运码头等国家一类口岸以及其它二类口岸、对外船舶修造厂等共96个执勤点的出入境人员、交通运输工具的边防检查和监护、管理任务。随着国家改革开放的深入发展，广州对外交流日益频繁，经广州各有关口岸出入境的人员和交通运输工具逐年增加，出入境边防检查机关的任务日益繁重。职改以来，广州总站在上级党委的正确领导下，以邓小平理论和江泽民“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻“抓班子、带队伍、促工作、保平安”的基本思路和“真抓、早抓、主动抓”的工作原则，大力加强自身队伍建设和边检执勤工作，严格执法，依法行政，为维护国家主权和安全，维护广州乃至全国的政治安定和社会稳定，服务广州乃至全国的经济建设和改革开放，作出了积极贡献。