交通运输部珠江航务管理局是交通运输部在珠江水系的派出机构，对珠江内河行使行政主管部门职责。主要职责为规划、协调、监督、服务。
主要工作职责有：
（一）贯彻国家水路交通行业发展战略、方针政策和法律法规；组织或参与珠江水系有关航运法律、行政法规和规章草案的拟订工作，按法定程序批准后监督实施；根据部统一部署，组织拟订珠江水系水运发展战略、中长期规划，提出珠江水系水运建设五年规划和年度计划建议。
（二）负责珠江水系运输市场管理、省际运输协调、省际运输企业行政许可等工作；负责珠江水系航运市场宏观调控和秩序监督管理；规范珠江水系水运建设市场，维护平等竞争秩序。
（三）受部委托，对珠江水系报部审查审批的规划、计划及建设项目前期工作提出初步意见，组织或参与有关审查工作和工程竣工验收工作。
（四）负责协调珠江水系各省交通运输管理部门及其航务、港口、船闸等管理机构相关业务工作；指导、监督、协调珠江水系省级航道主管部门的航道管理和维护工作。
（五）协调珠江水系水资源综合开发利用中航运有关工作。
（六）指导珠江水系水路交通战备有关工作，协调珠江水系国家重点物资、应急物资水路运输，协助军事物资运输。
（七）组织开展珠江水运科技开发和信息化建设工作，参与部制订有关水运技术政策、标准和科技发展规划等工作；负责珠江水系水运统计资料的收集、整理、分析等相关工作。
（八）承担交通运输部珠江水系航运规划办公室的相关工作。
（九）承办交通运输部交办的其他工作。