(一)负责保障流域水资源的合理开发利用。受部委托组织编制流域或流域内跨省(自治区、直辖市)的江湖湖泊的流域综合规划及有关的专业或专项规划并监督实施;拟订流域性的水利政策法规。组织开展流域控制性水利项目、跨省(自治区、直辖市)重要水利项目与中央项目的前期工作。根据授权，负责流域内有关规划和中央水利项目的审查、审批以及有关水工程项目的合规性审查。对地方大中型水利项目进行技术审核。负责提出流域内中央水利项目、水利前期工作、直属基础设施项目的年度投资计划并组织实施。组织、指导流域内有关水利规划和建设项目的后评估工作。
(二)负责流域水资源的管理和监督，统筹协调流域生活、生产和生态用水。组织开展流域水资源调查评价工作，按规定开展流域水能资源调查评价工作。按照规定和授权，组织拟订流域内省际水量分配方案和流域年度水资源调度计划以及旱情紧急情况下的水量调度预案并组织实施，组织开展流域取水许可总量控制工作，组织实施流域取水许可和水资源论证等制度，按规定组织开展流域和流域重要水工程的水资源调度。
(三)负责流域水资源保护工作。组织编制流域水资源保护规划，组织拟订跨省(自治区、直辖市)江湖湖泊的水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量意见，负责授权范围内入河排污口设置的审查许可;负责省界水体、重要水功能区和重要入河排污口水质状况监测;指导协调流域饮用水水源保护、地下水开发利用和保护工作。组织开展太湖流域水环境综合治理有关工作。指导流域内地方节约用水和节水型社会建设有关工作。
(四)负责防治流域内的水旱灾害，承担流域防汛抗旱总指挥的具体工作。组织、协调、监督、指导流域防汛抗旱工作，指导、协调并监督防御台风工作。按照规定和授权对重要的水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度。组织实施流域防洪论证制度。组织制定流域防御洪水方案并监督实施。指导、监督流域内蓄滞洪区的管理和运用补偿工作。按规定组织、协调水利突发公共事件的应急管理工作。
(五)指导流域内水文工作。按照规定和授权，负责流域水文水资源监测和水文站网的建设和管理工作。负责流域重要水域、直管江河湖库及跨流域调水的水量水质监测工作，组织协调流域地下水监测工作。发布流域水文水资源信息、情报预报和流域水资源公报。&l
(一)机关内设机构
1、办公室
2、规划计划处
3、水政水资源处(水土保持处 水政监察总队)
4、财务处
5、人事处(科技外事处)
6、建设与管理处
7、安全监督处
8、防汛抗旱办公室
9、监察处
10、审计处(与监察处合署办公)
直属机关党委
太湖工会(中国农林水利工会太湖委员会)(与直属机关党委合署办公)
(二)单列机构
太湖流域水资源保护局(副局级)
(三)事业单位
1、太湖流域管理局水文局(信息中心)(副局级)
2、太湖流域管理局水利发展研究中心(正处级)
3、太湖流域管理局综合事业发展中心(正处级)
