满洲里，蒙语名为“霍勒金布拉格”，翻译为中文为“旺盛的泉水”。一百多年前，这里是一片草原。1903年中东铁路修建，1907年，中东铁路实现全线运营，自此中俄贸易得以逐渐发展。满洲里海关是我国陆路口岸最早设立的口岸海关之一，从1908年2月5日满洲里分关成立至今，满洲里海关已经走过百余年的历程。新中国成立之前的满洲里海关历经清末、民国、东北沦陷等几个历史时期，当时满洲里海关的主权完全由外国人操纵，成为帝国主义对中国进行经济掠夺的工具。
1949年1月3日，人民政权辖属的满洲里关税局成立，翻开了历史上崭新的一页。满洲里关税局成立后，承担了中苏进出口货物的监管征税业务，有力地支持了全国的解放。1952年至1955年满洲里口岸进出口货运量位居全国第一位，为我国国民经济的恢复和第一个五年计划的顺利实施以及抗美援朝战争的胜利都做出了重要贡献。60年代至70年代，满洲里关先后由内蒙古外贸局和满洲里市革委会领导，并且随着中苏关系恶化，满洲里口岸进出境货物和进出境旅客大幅减少，海关工作逐渐滑入低谷。1980年，满洲里海关由海关总署直接领导和管理。1982年以后，满洲里口岸业务量迅速回升。特别是1992年，满洲里市被国务院批准为首批沿边开放城市后，满洲里海关业务量全方位扩大，海关监管的运输方式由国际铁路联运扩展到公路、水运、空运全方位运输方式，保税仓库、海关监管仓库业务已经起步，单一的国家贸易发展为国贸、边贸、劳务合作、承包工程等多种贸易方式并存的局面。1993年至1998年，满洲里海关业务范围扩大，机构调整，人员增加，各项事业得到蓬勃发展。1995年，国务院批准满洲里海关为副局级海关。1999年至2004年，满洲里海关业务迅猛发展，进出口货运量，进出境人员、车辆、征收税费逐年大幅攀升。2004年1月，经国务院批准，满洲里海关升格为正局级海关。
目前，满洲里海关位于内蒙古自治区满洲里市，是全国唯一设在纬度最高的县级市的直属海关。现下设24个部门(机构)，其中有15个内设机构，2个隶属海关(海拉尔海关、额尔古纳海关)、4个办事处(驻车站办事处、驻十八里办事处、驻通辽办事处、驻赤峰办事处)、2个缉私分局(海拉尔海关缉私分局、驻通辽办事处缉私分局)、3个缉私科(驻十八里办缉私科
