1、研究、拟订对台工作方针政策;贯彻执行党中央、国务院确定的对台工作的方针政策。
2、组织、指导、管理、协调国务院各部门和各省、自治区、直辖市的对台工作;检查了解各地区、各部门贯彻执行党中央、国务院对台方针政策情况。
3、研究台湾形势和两岸关系发展动向;协调有关部门研究、草拟涉台的法律、法规,统筹协调涉台法律事务。
4、按照国务院的部署和授权,负责同台湾当局及其授权社会团体谈判及签署协议文件的有关准备工作。
5、管理协调两岸通邮、通航、通商事务;负责对台宣传、教育工作和有关台湾工作的新闻发布;处理涉台的重大事件。
6、会同有关部门统筹协调和指导对台经贸工作和两岸金融、文化、学术、体育、科技、卫生等各个领域的交流与合作,以及两岸人员往来、考察、研讨等工作,国际会议的涉台工作。
7、完成国务院交办的其他任务。
根据工作职责，中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室设11个职能局和机关党委，分别是:秘书局、综合局、研究局、新闻局、经济局、港澳涉台事务局、交流局、联络局、法规局、投诉协调局、政党局，机关党委（人事局）。
1、秘书局负责协调机关日常工作；承办文电、秘书、会议、通信、信息工作；负责档案、报刊、图书资料工作；编辑刊物；负责机关财务、房产、基本建设、物资设备、环境秩序管理及后勤服务的规划、协调与监督，承办重要活动会务、接待工作，负责赴台审批办理工作，联系各地各部门涉台机构。
2、综合局负责承办海峡两岸关系协会的日常工作。负责并协调有关部门与台湾当局授权的团体和人士进行协商谈判；负责并归口管理与台湾海峡交流基金会的联系事宜；协调指导有关部门和地方处理涉台突发事件和两岸双向遣返及有关问题；按照《海协会章程》，开展与岛内、海外团体和人士的联系与合作。管理台属及台胞捐赠工作。
3、研究局负责研究台海形势和两岸关系中的重大问题，研拟相关政策和提出工作建议，指导并协调中央有关部门和地方的对台调研工作。
